Entre tanto, surgían graves dificultades entre los carmelitas descalzos y los mitigados. Aunque el superior general había autorizado a Santa Teresa a emprender la reforma, los frailes antiguos la consideraban como una rebelión contra la orden; por otra parte, debe reconocerse que algunos de los descalzos carecían de tacto y exageraban sus poderes y derechos. Como si eso fuera poco, el prior general, el capítulo general y los nuncios papales, daban órdenes contradictorias. Finalmente, en 1577, el provincial de Castilla mandó a San Juan que retornase al convento de Medina del Campo. El santo se negó a ello, alegando que había sido destinado a Ávila por el nuncio del Papa. Entonces el provincial envió un grupo de hombres armados, que irrumpieron en el convento de Ávila y se llevaron a San Juan por la fuerza. Sabiendo que el pueblo de Ávila profesaba gran veneración al santo, le trasladaron a Toledo

Como Juan se rehusase a abandonar la reforma, le encerraron en una estrecha y oscura celda y le maltrataron increíblemente. Ello demuestra cuán poco había penetrado el espíritu de Jesucristo en aquellos que profesaban seguirlo.

La celda de San Juan tenía unos tres metros de largo por dos de ancho. La única ventana era tan pequeña y estaba tan alta, que el santo, para leer el oficio, tenía que ponerse de pie sobre un banquillo. Por orden de Jerónimo Tostado, vicario general de los carmelitas de España y consultor de la Inquisición, se le golpeó tan brutalmente, que conservó las cicatrices hasta la muerte. Lo que sufrió entonces San Juan coincide exactamente con las penas que describe Santa Teresa en la “Sexta Morada”: insultos, calumnias, dolores físicos, angustia espiritual y tentaciones de ceder. Más tarde dijo: “No os extrañe que ame yo mucho el sufrimiento. Dios me dio una idea de su gran valor cuando estuve preso en Toledo”.

Los primeros poemas de San Juan que son como una voz que clama en el desierto, reflejan su estado de ánimo:

La doctrina de San Juan es plenamente fiel a la tradición antigua: el fin del hombre en la tierra es alcanzar “Perfección de la caridad y elevarse a la dignidad de hijo de Dios por el amor”; la contemplación no es por sí misma un fin, sino que debe conducir al amor y a la unión con Dios por el amor y, en último término, debe llevar a la experiencia de esa unión a la que todo está ordenado. “No hay trabajo mejor ni más necesario que el amor”, dice el santo. “Hemos sido hechos para el amor.” El único instrumento del que Dios se sirve es el amor.” “Así como el Padre y e1 Hijo están unidos por el amor, así el amor es el lazo de unión del alma con Dios”.

El amor lleva a las alturas de la contemplación, pero como que amor es producto de la fe, que es el único puente que puede salvar el abismo separa a nuestra inteligencia de la infinitud de Dios, la fe ardiente y vívida el principio de la experiencia mística. San Juan no se cansó nunca de inculcar esa doctrina tradicional con su estilo maravilloso y sus ardientes palabras.

Las verdades que enseñó no deben empañarse por las prácticas que puedan ser exageradas. Al mismo tiempo se ha de tener quidado en discernir que es exageración. ¿Cual es nuestro punto de referencia?, ¿Fueron todos los santos exagerados?, ¿Fue Jesucristo exagerado, aceptando morir en la Cruz?. ¿O no será más bien que nosotros no sabemos amar hasta el extremo?.

Dios no pide lo mismo a todos. El sabe la capacidad y el corazón de cada uno. El amor expande el corazón y las capacidades de entrega.

Solía pedir a Dios tres cosas: que no dejase pasar un solo día de su vida sin enviarle sufrimientos, que no le dejase morir en el cargo de superior y que le permitiese morir en la humillación y el desprecio.

Con su confianza en Dios (llamaba a la Divina Providencia el patrimonio de los pobres), obtuvo milagrosamente en algunos casos provisiones para sus monasterios. Con frecuencia estaba tan absorto en Dios, que debía hacerse violencia para atender los asuntos temporales.

Su amor de Dios hacía que su rostro brillase en muchas ocasiones, sobre todo al volver de celebrar la misa. Su corazón era como un ascua ardiente en su pecho, hasta el punto de que llegaba a quemarle la piel. Su experiencia en las cosas espirituales, a la que se añadía la luz del Espíritu Santo, hacían de un consumado maestro en materia de discreción de espíritus, de modo que no era fácil engañarle diciéndole que algo procedía de Dios.

Juan dormía unas dos o tres horas y pasaba el resto de la noche orando ante el Santísimo Sacramento.

El P. Nicolás fue elegido provincial y el capítulo general nombró a Juan vicario de Andalucía. El santo se consagró a corregir ciertos abusos, especialmente los que procedían del hecho de que los frailes tuviesen que salir del monasterio a predicar. El santo opinaba que la vocación de los descalzos era esencialmente contemplativa. Ello provocó oposición contra él.

San Juan fundó varios conventos y, al expirar su período de vicario, fue nombrado superior de Granada. Entre tanto, la idea del P. Nicolás había ganado mucho terreno y el capítulo general que se reunió en Madrid en 1588, obtuvo de la Santa Sede un breve que autorizaba una separación aún más pronunciada entre los descalzos y los mitigados. A pesar de las protestas de algunos, se privó al venerable P. Jerónimo Gracián de toda autoridad y se nombró vicario general al P. Doria. La provincia se dividió en seis regiones, cada una de las cuales nombró a un consultor para ayudar al P. Gracián en el gobierno de la congregación. San Juan fue uno de los consultores.

La innovación produjo grave descontento, sobre todo entre las religiosas. La venerable Ana de Jesús, que era entonces superiora del convento de Madrid, obtuvo de la Santa Sede un breve de confirmación de las constituciones, sin consultar el asunto con el vicario general. Finalmente, se llegó a un compromiso en ese asunto. Sin embargo, en el capítulo general de Pentecostés de 1591, San Juan habló en defensa del P. Gracián y de las religiosas.

El P. Doria, que siempre había creído que el santo estaba aliado con sus enemigos, aprovechó la ocasión para privarle de todos sus cargos y le envió como simple fraile al remoto convento de La Peñuela. Ahí pasó San Juan, algunos meses, entregado a la meditación y la oración en las montañas, “porque tengo menos materia de confesión cuando estoy entre las peñas que cuando estoy entre los hombres.”

Pero no todos estaban dispuestos a dejar en paz al santo, ni siquiera en aquel rincón perdido. Siendo vicario provincial, San Juan, durante la visita al convento de Sevilla, había llamado al orden a dos frailes y había restringido sus licencias de salir a predicar. Por entonces, los dos frailes se sometieron pero un consultor de la congregación recorrió toda la provincia tomando informes sobre la vida y conducta de San Juan, lanzando acusaciones contra él, afirmando que tenía pruebas suficientes para hacerle expulsar de la orden. Muchos de los frailes prefirieron seguir la corriente adversa a Juan que decir la verdad que hace justicia. Algunos llegaron hasta quemar sus cartas para no caer en desgracia.

En medio de esa tempestad San Juan cayó enfermo. El provincial le mandó salir del convento de Peñuela y le dio a escoger entre el de Baeza y el de Úbeda. El primero de esos conventos estaba mejor provisto y tenía por superior a un amigo del santo. En el otro era superior el P. Francisco, a quien San Juan había corregido junto con el P. Diego. Ese fue el convento que escogió.

La fatiga del viaje empeoró su estado y le hizo sufrir mucho. Con gran paciencia, se sometió a varias operaciones. El indigno superior le trató inhumanamente, prohibió a los frailes que le visitasen, cambió al enfermero porque le atendía con cariño, sólo le permitía comer los alimentos ordinarios y ni siquiera le daba los que le enviaban algunas personas de fuera. Cuando el provincial fue a Úbeda y se enteró de la situación, hizo cuanto pudo por San Juan y reprendió tan severamente al P. Francisco, que éste abrió los ojos y se arrepintió.

La muerte del santo trajo consigo la revalorización de su vida y tanto el clero como los fieles acudieron en masa a sus funerales. Dios quiso que se despejaran las tinieblas y se vieses su vida auténtica para edificación de muchas almas. Sus restos fueron trasladados a Segovia, pues en dicho convento había sido superior por última vez.

Fue canonizado en 1726

Santa Teresa había visto en Juan un alma muy pura, a la que Dios había comunicado grandes tesoros de luz y cuya inteligencia había sido enriquecida por el cielo. Los escritos del santo justifican plenamente este juicio de Santa Teresa, particularmente los poemas de la “Subida al Monte Carmelo”, la “Noche Oscura del Alma”, la “Llama Viva de Amor” y el “Cántico Espiritual”, con sus respectivos comentarios. Así lo reconoció la Iglesia en 1926, al proclamar doctor a San Juan de la Cruz por sus obras Místicas.

La doctrina de San Juan se resume en el amor del sufrimiento y el completo abandono del alma en Dios. Ello le hizo muy duro consigo mismo; en cambio, con los otros era bueno, amable y condescendiente. Por otra parte, el santo no ignoraba ni temía las cosas materiales, puesto que dijo: “Las cosas naturales son siempre hermosas; son como las migajas de la mesa del Señor.”

San Juan de la Cruz vivió la renuncia completa que predicó tan persuasivamente. Pero a diferencia de otros menores que él, fue “libre, como libre es el espíritu de Dios”. Su objetivo no era la negación y el vacío, sino la plenitud del amor divino y la unión sustancial del alma con Dios. “Reunió en sí mismo la luz extática de la Sabiduría Divina con la locura estremecida de Cristo despreciado”.